Im Zusammenhang mit der 1999 aufgeflogenen CDU-Spendenaffäre um Helmut Kohl hat der verstorbene CDU-Politiker Wolfgang Schäuble in seinen posthum veröffentlichten Memoiren enthüllt, dass es auch eine „schwarze Kasse“ bei der Unionsfraktion gab. Diese Kasse wurde von Kohl angelegt, um Geld außerhalb der Parteifinanzen zu halten und wurde zur Finanzierung von Ausgaben genutzt, ohne dass der Bundesrechnungshof dies überprüfte. Kohl habe in den 1990er Jahren etwa zwei Millionen D-Mark als anonyme Spendengelder deklariert.
Schäuble war von 1981 bis 1984 Parlamentarischer Geschäftsführer der CDU/CSU-Bundestagsfraktion. Er erinnerte sich daran, dass ein Konto bei der Dresdner Bank der Fraktion sechs bis sieben Millionen Mark enthielt, das möglicherweise noch aus den Quellen der Staatsbürgerlichen Vereinigung stammte. Kohl hatte einen Generalbevollmächtigten der Schatzmeisterei der CDU-Zentrale zur Auszahlung des Geldes geschickt, für das Schäuble nur noch unterschreiben musste.
Schäuble gab zu, dass er Fehler im Umgang mit den Vorgängen gemacht habe und kritisierte seine passive Mitwisserschaft. Er habe damals nicht nachgefragt, was mit dem Geld gemacht wurde, da er annahm, dass es die Verfügungsmasse des Parteivorsitzenden sei. Diese Enthüllungen in Schäubles Memoiren führten dazu, dass er im Februar 2000 als CDU-Chef und Vorsitzender der CDU/CSU-Bundestagsfraktion zurücktrat. Angela Merkel übernahm daraufhin die Parteiführung. Schäuble wurde später Innenminister und Finanzminister unter ihr.