Die Europawahlen in Bayern zeigen deutliche Unterschiede zwischen den Regionen. Während die CSU weiterhin dominant ist und alle Landkreise und kreisfreien Städte gewinnt, haben die Grünen und AfD aufgeholt. In den Hochburgen der CSU wie Rhön-Grabfeld erzielte die Partei hohe Stimmenanteile, während sie in Städten wie München Schwierigkeiten hatte. Die CSU erreichte insgesamt 39,7% der Stimmen in Bayern, wobei Niederbayern ihre stärkste Region war.
Die Grünen, die vor fünf Jahren in Städten wie München führend waren, mussten sich diesmal mit dem zweiten Platz begnügen. Ihr stärkster Rückgang war in Lindau zu verzeichnen, während sie in Freyung-Grafenau Zuwächse verzeichneten. Die AfD konnte vor allem in ländlichen Gebieten punkten und landesweit den zweiten Platz mit 12,6% der Stimmen erreichen. Die FDP erreichte in Starnberg ihr bestes Ergebnis, während die Freien Wähler in Cham ihre Hochburg hatten.
Die Wahlbeteiligung variierte zwischen den Regionen, wobei Starnberg die höchste und Niederbayern die niedrigste Wahlbeteiligung verzeichnete. In den Städten war die Wahlbeteiligung im Allgemeinen niedriger als auf dem Land. Das Hochwasser hatte keinen spürbaren Effekt auf die Wahlergebnisse. Insgesamt zeigen die europäischen Wahlen in Bayern deutliche regionale Unterschiede und Aufholbewegungen der Grünen und AfD.